两者之间的区别在于，生根剂是通过诱导生根，除了生根，没有其他的作用。微生物菌剂除了在生根方面有效果外，还能防病治病，微生物菌剂能在作物根系周围形成一种“保护罩”，能够有效地防止病虫害侵染作物根系，通过多种生物作用机制，清除土壤中的病原真菌、细菌，保护根系，降低根部病害发生几率;微生物在作物生长过程中，通过代谢活动的氧气和二氧化碳的交换，分泌的有机酸等有助于土壤团粒结构的形成，可有效改善消除土壤板结、酸化等现象，使作物在健康的土壤环境中生长发育;微生物还分解有机质,改善土壤的结构和耕性等。

以果树为例，讲一下果树生根的规律，一般情况下果树根系在3月、6月、9月较为活跃，此时果树根系萌发速度快，吸收率达到一年的高峰，那么同理在这几个月使用生根肥肯定是好上加好。

微生物菌剂可以促进植物的根系生长，提高植物的抗逆性和适应性。微生物菌剂产生的植物生长激素和抗菌物质，增加土壤中的有益微生物数量，改善土壤结构和质量，促进植物对营养物质的吸收和利用。